سيعتمد نموذج الحوكمة الخاص بـ LMI في المرحلة الثانية الذي تم تنفيذه في المرحلة الأولى ، حيث أظهرالأخير فعالية حقيقية. سيكفل إدارة LMI المدير التونسي منصف بوكثير (IPEIT) بمساعدة مديرين مشاركين مليكة بلحسن (INSTM) وأسماء السقا هليلي (FSB) ، والمدير الفرنسي أوليفييه برينغولت (MIO) بمساعدة جيل ماهي (HSM). سيتم ضمان حوكمة LMI من قبل لجنة الإدارة ، والتي تضم المديرين (أو ممثليهم) للمختبرات والمعاهد الشريكة لـ LMI. ستكون لجنة الإدارة هذه مسؤولة عن حوكمة LMI وستجتمع كل ثلاثة أشهر لضمان الإدارة الجيدة للعمليات الإدارية والمالية والعلمية في LMI. سيتم تنظيم ندوة علمية سنويًا لتقديم الأنشطة العلمية التي يتم تنفيذها في إطار LMI ولتحديد المشاريع المستقبلية فيما يتعلق بالخدمات AOs الوطنية والدولية.
وسيساعد لجنة الإدارة مجلس علمي يضم أعضاء لجنة الإدارة بالإضافة إلى شخصيات خارجية تونسية وفرنسية يتم اختيارها بالتساوي من قبل مختلف الشركاء. كما سيحضر ممثلو السلطات التونسية (MESRS ، IRESA) هذا المجلس العلمي من أجل دعم LMI في إنشاء المركز المرجعي في البيئة البحرية. سيتم استشارة المجلس العلمي من أجل 1) تشغيل LMI ، 2) دمج شركاء جدد ، إذا لزم الأمر ، 3) صياغة التقارير السنوية ، بالإضافة إلى أي موضوع آخر تقترحه لجنة إدارة LMI.
من أجل تسهيل التفاعل مع المديرين والسماح بأخذ توقعاتهم في الاعتبار بشكل أفضل ، سيتم إنشاء لجنة المستخدمين بمجرد تجديد LMI في عام 2019. ستجمع هذه اللجنة أعضاء لجنة الإدارة مع ممثلي المنظمات الرئيسية المسؤولة عن إدارة المنطقة الساحلية في تونس: وكالة حماية السواحل والتخطيط APAL ، الوكالة الوطنية لحماية البيئة ANPE ، الإدارة العامة لصيد الأسماك وتربية المائيات DGPA ، المركز الدولي للتقنيات البيئية CITET. تتمثل مهمة هذه اللجنة في المساهمة في التحليل المسبق والسابق لأساليب الإدارة ، وتحديد احتياجات المستخدمين النهائيين والوسطاء ، واقتراح التوجهات البحثية بما يتماشى مع الأولويات التي حددتها الاستراتيجية الوطنية في تونس ، والمشاركة مع الباحثين في LMI في بناء ابتكارات تلبي الاحتياجات.